Tras el pitido final el Bayern de Múnich se llevó por primera vez la histórica camiseta real madrid Copa Victoria. En los años siguientes el club ganó algunos trofeos locales y en 1910 el Bayern se hizo miembro de la Kreisliga recién fundada, la primera liga regional de Baviera. Una de esas páginas históricas de la Liga. El 13 de julio del mismo año, la oficina y una parte de los archivos del club fueron destruidos tras los bombardeos. El primer rival fue el 1. Münchner FC 1896, al cual el Bayern le ganó 5:2 en marzo de 1900. Poco a poco el club fue reuniendo a más jugadores, entre ellos a tres futbolistas del 1860 Múnich.
Hofmann murió al poco tiempo por una enfermedad en la garganta, por lo que Richard Michalke asumió el cargo de entrenador. Poco antes del final de la guerra jugaron en el Gauliga Múnich/Alta Baviera. Después de la toma del poder por parte de los nazis bajo el liderazgo de Adolf Hitler, el presidente del club Kurt Landauer tuvo que dimitir por la presión política ejercida contra él debido a su ascendencia judía. Franz John fue el primer presidente en la historia del club, y como colores eligió el azul y blanco. En la segunda mitad los de Fráncfort empujaron buscando el empate, pero en el 75′ Franz Krumm marcó el 2:0 decisivo para el Bayern. El partido tuvo lugar y el Bayern derrotó al hasta ahora cinco veces campeón alemán, el Núremberg con un 2:0. Los goles fueron anotados por Oskar y Hans Welker.
El 23 de noviembre de 2012 logra su primer doblete, con un soberbio partido con su nuevo equipo, el Al-Sadd catarí, anotando dos goles en la victoria sobre el Qatar SC. El partido inaugural se saldó con victoria del local con un 8:1 ante el Wacker Múnich. Recientemente había una disputa entre los jugadores acerca del futuro del club, debido a que la junta directiva del MTV había rechazado la adhesión del club a la Asociación de Fútbol del Sur de Alemania. En 1908 el club tuvo a más de 300 miembros, ocho equipos y a más de 100 jugadores juveniles.
En 1939 se produce el primer descenso en la historia del club. 1965: Campeón del Campeonato Profesional Peruano. En dicho partido alcanza la cifra de 1.000 partidos como profesional. Además, Oskar Rohr uno de los mejores jugadores, dejó el club para jugar como profesional en el Grasshopper Club Zúrich. William Townley fue de nuevo el entrenador, continuando con la tradición de tener un entrenador inglés en el club. Después de un partido dramático, el Bayern ganó 4:3. Ya en 1928 llegó con el entrenador húngaro Leo Weisz ganó el segundo campeonato. El partido de vuelta contra el Fürth fue en el Grünwalder Stadion, que fue transmitido en vivo por radio. Cuenta con un gran parque de maquinaria que acaba de ampliarse con la adquisición de nueva maquinaria de última generación, fabricada a medida, y que supondrá un gran avance en la producción.
El Bayern era llamado «el club de los judíos» y, como era un club semiprofesional, se vio afectado también por las medidas gubernamentales, camiseta de portero del valencia por lo que los jugadores de fútbol tuvieron que pasar otra vez a la categoría de aficionados. El 27 de febrero de 1900 los jugadores del MTV Múnich se reunieron en la posada Bäckerhöfl. En 1926 el Bayern conquistó el campeonato del sur de Alemania. El auge del nazismo supuso el fin del crecimiento del Bayern ya que numerosos socios del club lo dejaron. El nuevo entrenador Hans Tauchert no fue capaz de repetir los viejos éxitos del club y en 1934 es reemplazado por Ludwig Hofmann.