El duelo se decidió en las últimas jornadas, tras lograr importantes victorias ante Atlético de Madrid y Athletic Club, el club de la capital se consagró campeón de liga por vigesimonovena vez, camiseta athletic bilbao la cuarta para Raúl. Su regreso al área y su amistad con Ruud Van Nistelrooy son dos de las razones que explican su recuperación. Pese a conservar la titularidad no rindió como sus anteriores temporadas debido a fuertes afecciones físicas provocadas por la pubalgia que arrastraba desde la pretemporada. En sus dos últimas temporadas como titular recuperó sus promedios goleadores con 23 y 24 goles por temporada en la 2007-08 y la 2008-09 respectivamente.
Con su nuevo entrenador, el alemán Jupp Heynckes, González no tuvo una posición fija en el campo de juego debido a sus constantes cambios en el cuadro titular. A inicios de la temporada 1999/2000 el cuadro de John Benjamin Toshack entró en crisis. Raúl otorgó la primera copa de la temporada a los madridistas con una memorable actuación al marcar los tres goles, opacando la presentación del mediapunta francés Zinedine Zidane, la nueva contratación estelar para el torneo. Primera temporada en el Schalke 04: Campeones de Copa. A comienzos de julio de 2010, los rumores lo situaban muy cerca de fichar por el Schalke 04 alemán. Tras 16 temporadas en el Real Madrid, Raúl debutó en el Schalke 04 el 31 de julio de 2010 un partido contra el Hamburgo en el torneo amistoso cuadrangular «LIGA total!
En julio de 2000 el empresario español Florentino Pérez asumió la presidencia del Real Madrid, dando inicio a la denominada «era galáctica». Después de un inicio incierto en la liga con victorias en casa y empates y derrotas en terreno ajeno, Madrid se asomó a los primeros puestos de la Liga hasta mediados de la competición. Los resultados no acompañaban y en las 10 primeras jornadas se sumaba tan solo una victoria, ocho empates y una derrota, con solo 7 goles a favor. Luego de un sobresaliente desempeño en las dos fases de grupos (sólo 2 empates y una derrota) y tras eliminar a FC Bayern de Múnich, nuevamente, y FC Barcelona; el cuadro blanco llegó a su tercera final en cinco años. A partir del arribo del francés, el cuadro de Del Bosque tuvo como eje central en la ofensiva a Zidane y Figo, que asistieron al aparente único delantero centro, Raúl.
Pese a que los ingleses sacaron un empate a cero en el Santiago Bernabéu, el vigente campeón continental cayó en Old Trafford 2:3 con dos goles de Raúl. Tras su vuelta a la actividad Raúl no alcanzó a repetir sus números de anteriores torneos y concluyó su participación en la Liga 1997/98 con sólo 10 goles. Con 10 goles, se consagró como el máximo goleador de la justa y fue nombrado Mejor Delantero de los torneos de clubes de la UEFA. 10.º a nivel mundial, superando a clubes como Juventus, São Paulo, Ajax, Valencia CF, Sevilla, Porto, Roma, entre otros. Por lo tanto, necesita jugar y rendir a buen nivel para demostrar a los equipos potencialmente interesados que sigue siendo el máximo goleador de la Selección campeona del mundo. Marcó 26 goles en 52 partidos durante la temporada —19 de ellos en liga— y dio un total de 24 asistencias, siendo el máximo goleador del equipo y el quinto mejor del campeonato nacional.
A raíz de la temporada 2003-04 Raúl inicia un bajón en su rendimiento (especialmente goleador) que se prolongaría durante tres temporadas y que coincidiría con esos mismos años en blanco del Real Madrid. Raúl en el ataque durante las próximas temporadas. Sin embargo, el presidente de la Federación Yugoslava Slavko Šajber decidió que toda la ronda final de partidos tuvo que ser repetida, camiseta valencia cf centenario después de las acusaciones de que algunos resultados habían sido amañados. Con su gol en semifinales de la Copa de Alemania ante el Bayern München en el estadio Allianz Arena consiguió junto a su equipo la clasificación para la final de dicha competición. Después de perder la Liga y la Copa la plantilla se abocó en conseguir la Liga de Campeones de la UEFA.